All’inizio della linea temporale nota come Universal Century, a causa della sovrappopolazione, parte dell’umanità fu costretta a migrare nello spazio, trasferendosi su centinaia di colonie spaziali a forma di giganteschi cilindri, le cui pareti interne venivano utilizzate dalla popolazione come suolo artificiale. Nell’anno 0079, Side 3, il gruppo di colonie più lontano dalla Terra, si autoproclamò Principato di Zeon, e dichiarò la propria indipendenza, ribellandosi alla Federazione Terrestre e dando vita a un sanguinoso conflitto. Iniziò così la Guerra di un Anno. Dopo un solo mese di conflitto, le truppe di Zeon e l’esercito federale avevano sterminato circa metà della popolazione totale, a causa dell'uso indiscriminato di armi di distruzione di massa e di tattiche altamente distruttive, come quella di far cadere corpi celesti sulla Terra.
Si giunse così a una situazione di stallo che perdurò per oltre otto mesi. Durante questo tempo la Federazione Terrestrer ne approfittò per sviluppare il Progetto V, volto alla produzione di propri mobile suit, da contrapporre a quelli già in uso da parte di Zeon.

18 Settembre 0079. Durante un attacco a una colonia spaziale di Side 7 da parte di alcuni Zaku di Zeon, il giovane Amuro Ray entra in contatto con un nuovo prototipo di mobile suit, facente parte del Progetto V. Il giovane decide di non starsene con le mani in mano osservando inerme il massacro e sale a bordo del gigante bianco…

Saprà un semplice ragazzino senza esperienza far fronte agli orrori della guerra?